秘密纸条主要通过完成冬日谜团任务获得放大镜后，在日常活动中随机获取。要触发这个任务，你需要在冬季的早晨6点至下午4点之间，从农场步行（不能骑马）前往巴士站区域，此时会看到暗影人逃跑并留下脚印。跟随脚印到社区中心左侧游乐场的灌木丛进行调查，暗影人会跳出来道歉并赠送你一个放大镜，之后你进行各种活动时就有机会发现秘密纸条了。
获得放大镜后，你在游戏中的多种日常行为都有一定概率生成秘密纸条。具体概率包括：清除杂草有0.9%的概率，每次用斧头劈砍树木有0.5%的概率，钓鱼时有8%的概率用纸条替换原本的垃圾，挖掘远古斑点在完成古物判定后有11%的概率，用工具清除普通石头有0.75%的概率，而清除大树桩、大圆木、陨石这类资源团块则有5%的概率。击杀怪物时有3.3%的概率掉落，而用斧头收获花椰菜、甜瓜或南瓜形成的巨大作物时，则是100%必定获得一张秘密纸条。
需上述概率只是游戏尝试生成秘密纸条的初始概率，最终是否成功获得还取决于一个动态判定机制。每次游戏尝试生成纸条时，都会根据你已经发现的纸条数量进行二次判定。如果你已经集齐了全部秘密纸条，那么判定必定失败，不会再获得新的。如果尚未集齐，则成功率会根据一个线性函数关系变化，这意味着你已发现的纸条越多，获得新纸条的概率就越低。在你还未发现任何纸条时，成功概率高达80%，而当只剩下最后一张纸条未发现时，成功概率会降至12%。
秘密纸条的内容非常丰富，主要分为两大类。前9张纸条，如纸条1到纸条9，通常记录着村民的喜好信息，像是阿比盖尔最爱的礼物清单、山姆的假日购物单等，能帮助你快速提升与这些角色的好感度。从第10张开始的纸条则多与谜题和隐藏挑战相关，例如秘密纸条10要求你解锁沙漠骷髅洞穴并抵达第100层以寻找齐先生，纸条13指示你在每个季节最后一天的中午12点检查儿童游乐场北侧的灌木丛，而纸条15则与冬季夜市的美人鱼表演贝壳点击顺序有关。
