种出变异果实，第一步就是得弄到可以变异的种子。一类是太空种子，另一类是可以通过杂交变异的特殊植物种子。太空种子主要通过活动获取，比如找到特定NPC土伯伯每天领取，或者在梅森的商店里用摩尔豆购买，这类种子在种植时有概率直接结出变异果实。而另一类需要杂交的植物，比如一些特定花卉，它们的变异种子通常可以直接在梅森的商店里买到。
基本的浇水、除草、除虫都不能马虎，这能保证作物健康生长，为变异打好基础。对于太空种子，那就是最好在作物快成熟时保持在线。如果长时间离线，变异概率可能会降低，在成熟前一两分钟上线守着收获，往往更能见到惊喜。而对于需要通过授粉杂交的植物，需要先种下同一种类但不同颜色的植物，等它们成熟后，植物上方会出现一个小瓶子图标，这时用花粉瓶工具收集花粉。收集完毕后，植物上会显示小花标志，就可以将收集到的不同颜色花粉对其中一株进行授粉了。
授粉之后，还有一步能加大变异的筹码，那就是使用肥料。无论是针对杂交植物使用的变异肥料，还是给太空种子加速生长用的普通肥料，合理施肥都被认为能提升变异作物的出现几率。施肥的时机也有讲究，一般在播种后不久或授粉完成后及时进行效果更好。如果一次没有成功，那颗植物之后可能就不会再产生花粉，也无法继续授粉了，这时就需要重新种植新的种子来尝试。
变异的果实或植物在外观上通常与普通的不同，比如颜色奇特或体型巨大，很容易辨认。收获的这些变异果实可是宝贝，它们的主要用途是用于兑换活动限定奖励，比如太空飞行器、宇航员头盔等酷炫的家具或装扮。可以带着它们去找发布活动任务的NPC（如土伯伯）进行兑换。
