火影忍者手游决斗场更换忍者分为战前编队更换整套阵容、单局对局内切换双人羁绊忍者两种操作，常规单忍者对局无法在对战中途更换其他忍者，仅双人联动专属忍者支持战斗内切换角色。
先讲解决斗场战前更换上阵忍者的完整流程，进入决斗场板块后，选择忍术对决、段位赛等任意对战模式，页面右侧会出现编队栏，初始显示上一局使用的三名忍者，点击任意忍者头像位置，会弹出全忍者选择列表，列表内彩色头像代表已解锁可用忍者，灰色头像为未招募无法选用。点击目标忍者头像即可完成替换，依次调整一号先手、二号中场、三号保底忍者，搭配对应的秘卷与通灵，调整完成后点击保存编队，再次开启对战就会使用新更换的忍者阵容。针对忍者数量较多查找繁琐的问题，界面左下角设有自选编组功能，提前将常用上分忍者加入编组列表，更换忍者时可直接调取编组，省去翻找忍者库的步骤，对战前禁用对手忍者阶段，也能随时返回编队界面更换克制敌方ban位的忍者。
双人羁绊忍者是唯一能在决斗场对战过程中切换角色的特殊类型，这类忍者拥有双独立血条，开局前可在决斗场编队界面点击忍者名称，选择优先登场的角色，战斗进行时，普攻、释放一二技能的过程中点击奥义按钮即可触发角色切换，切换存在固定冷却间隔，无法连续多次操作。切换动作存在判定细节，若在普攻连招中途触发换人，当前段普攻会完整打完，原角色才会退场，可利用该机制打出脱手伤害拉扯对手、骗取替身；释放技能时切换角色会附带追加攻击，向后拉动摇杆还能让切换登场的角色向后位移，拉开和敌方的距离。需要注意羁绊忍者的切换限制，两名角色其中一方血量清零后，整场对局将永久关闭切换功能，剩余角色会进入强化状态，无法再交替作战。后台待命的角色能量恢复速度更快，实战中可及时切换残血角色退场回能，保留完整战力应对后续拉扯。
不少新手容易混淆更换忍者的两种场景，常规单人忍者阵容进入对局后，一号忍者被击败才会自动切换二号忍者，全程没有手动更换的操作入口，不存在中途替换阵容里其他忍者的途径。搭配阵容更换忍者时需要兼顾对位克制逻辑，一号位选择起手灵活、反手能力强的忍者应对敌方首发，二号位选用容错高、具备反手反制的忍者过渡，三号位优先携带破霸体、高斩杀的忍者作为翻盘底牌，更换忍者的同时同步调整秘卷适配角色机制，比如突进型忍者搭配散，远程消耗忍者携带风沙阵，整套编队调整完成后再开启对战，能大幅提升对局胜率。
