口袋妖怪火红二周目火箭队仓库位于五之岛，进入需先集齐两个密码，再破解传送带迷宫，最终抵达深处击败干部夺回蓝宝石，全程核心是密码收集与传送带迷宫走法。
进入仓库前，必须获取两个密码。第一个密码在灯火山山脚的火箭队手下身上，击败他即可获得；第二个密码需前往六之岛的点之穴，破解迷宫后与澄夫对战，胜利后得到第二个密码。集齐密码后，前往五之岛内陆，找到仓库入口，输入密码即可开门进入。
仓库内部核心是传送带迷宫，极易迷路。进入迷宫后，优先沿左侧通道行进，踏上第一条传送带后，会被送至中间区域；接着往右下方向走，踩上第二条传送带，抵达右侧通道；随后向上移动，换乘第三条传送带，就能到达迷宫出口，途中会遇到多名火箭队手下，逐一击败即可扫清障碍。
走出传送带迷宫后，继续向前会遇到两道门，第一道门可用之前获得的钥匙打开，第二道门则需乘坐电梯前往地下四层。进入电梯选择地下四层，抵达后沿通道直行，即可找到仓库深处的火箭队干部，其携带多只强力宝可梦，建议提前准备高等级宝可梦与恢复道具，击败干部后就能夺回蓝宝石，完成仓库核心目标。
通关仓库后，可返回一之岛将蓝宝石交给通讯员，解锁宝可梦交换功能，还能挑战超梦洞穴，捕捉超梦等强力宝可梦，为二周目后续探索打下基础。
