游戏进行到三周目说明我们的重点已经不再是主线了，而是追求收集把精灵图鉴开齐捕获全部的神兽，这才是我们最应该要做的。其实游戏的剧情也并不是很长，我们才进入三周目时限迅速推进玩主线，最后还有隐藏彩蛋挑战原作主角小智，那么下面就一起来看看三周目我们需要干些什么吧。
通关之后我们出门就能看到小智，这时候他会将世界来呢明的票给我们，然后我们前往到方园市中乘坐火车，这样就可以直接来到世界联盟这里了。但是现在先不要急着挑战我们需要想去收集神兽，这里我们需要先去雪柔市将大吾打败，这样我们才能前往到御龙市，在城外的右边有一处隐藏的山洞，里面就有一位训练师，我们将他打败之后就能获得橘子通行证，然后将每个城市中的强者全部挑战一边，从他们的手中获得各种通行证。方园市的城外的森林中就由毕力吉翁等级只有40还是很好捕捉的。然后这里出口处不要急着离开，往右边再走一点又能发现一只洁米，这也是我们要捕捉的神兽之一。另外就是翡翠市的海上，这里有一只红水都，然后继续往这里的右上方走来到一个岛上，这里有神兽火焰鸟。然后回去城里刷新一下在坐飞机来这里，这里就会刷新一只闪电鸟，这样反复刷新四次就能获得四个不同属性的神兽鸟。
到这里神兽也就捕捉的差不多了，带着我们前面收获的通行证再去挑战联盟，最后与小智战斗游戏就算完美结局了。
