由于本身玛娜传奇的定位就不是什么正传作品，所以自然是享受不到亲儿子福利的，这意味着本次的玛娜传奇HD仅仅是画面上的提升以及部分游戏系统的优化。整个游戏的核心还是1999年的原汁原味，在重置版中，SE对于游戏的背景画面进行了重新绘制，相较原版明显精致了不少，但是为什么人物建模感觉完全没变呢？看着还是GBA水平。
虽然进步的地方实在有限，不过一个99年的游戏也确实不能抱太大的希望，至少玛娜传奇还是很好的还原了圣战传说的风格，只能算无功无过。在战斗模式上，可能是为了凸显与正传作品的不同，玛娜传奇完全放弃了前三代塞尔达式的传统ARPG模式，而是采用了一种踩地雷遇敌的模式，每张地图都有固定的刷怪点，走进范围就会进入战斗。
战斗的操作并不复杂，简单的轻重攻击就足以帮助你一周目顺利过关，但是接下来就进入了整个战斗系统最为鬼畜的内容。游戏内的所有战利品，无论是道具还是金币和经验都要捡，如果你不去捡它们，一段时间后就会自动消失。
而且道具和金币经验一次只会掉落一种东西，你的npc和宠物有时还会抢经验。每场战斗结束后还会有结算画面，说长不长，但是一直出现还是相当拖节奏的。还好这次重置版中SE额外加入了关闭遇敌的功能，估计他们也意识到战斗实在是让人有点无语。
抛开上面的缺点不谈，其实玛娜传奇的战斗还是有它的可取之处的，本次的主角没有职业之分，也没有战斗中可以使用的道具，取而代之的是初期默认就拥有九种能力。
包含防御、冲刺、下蹲等等，每场战斗可以携带两个能力，随着能力使用次数的上升，不同能力可以组合为全新的能力，这些基础能力再配合你的武器，就可以习得各种各样天花乱坠的必杀技。
虽然每个必杀都看上去花里花哨的，但其实好用的也并不多，高手还是使用基础能力更能玩出花来，但这确实也是战斗系统中少有的亮点了。
玛娜传奇在99年遭遇众多批判，很大一部分原因是这部作品的叙事方式确实相当独特，与传统的RPG逐步完成剧情解锁新地点新任务不同，它采用了AF系统，通过指定任务会获得圣遗物，将圣遗物置于地图之上才能解锁下一个地点，根据完成任务顺序不同，解锁地点的顺序也会不同。
